特定の遺伝子部分のみを削除することによる遺伝子編集は確かに自然界に発生する突然変異との違いは基本的には無いことから、これを検出することは難しいと思います。
ただし、自然界で発生する突然変異率よりはるかに速い速度での変異を導入可能なため、もし自然界に人為的に変異を起こした生物が拡散した場合は、従来の変異率で変化をする周辺の生物との違いは大きくなるはずです。これをどのように評価するのか。
専門家では無いのでなんとも言えませんが、生物の進化の研究からモデルを用いた検討が可能なはずです。
昨晩夜中に目が覚めてふと考えてしまいました。もし大きな影響が発生するのであれば、後戻りはできないほどの技術になるはずです。導入には十分に(様々な視点からの)注意が必要なはずです。